Die beiden primären Erkrankungen, bei denen eine Colonmassage praktiziert wird, sind  Meteorismus, eine als Blähsucht bezeichnete überhöhte Gasansammlung im Darm, welche durch Bakterien hervorgerufen wurde und Obstipation, besser bekannt als Verstopfung.

Ausserdem zeichnet sich die Colonmassage durch eine reflektorische Wirkung aus und ist hierzu in der Lage, auch andere Körperpartien in unmittelbarer Nähe zu dem Behandlungsgebiet positiv zu beeinflussen.